Al fiiiiiiiiin, después de meses y meses hoy he dado con la solución ya que hasta la fecha no podía escribir ningun caracter con la tecla alt: \|@[]{} dentro de las X.

La solución:
jack$ cat .Xmodmap

clear Mod2
clear Mod1
add Mod1 = Alt_L
add Mod2 = Mode_switch

Eso sí, hay que ejecutar xmodmap ~/.Xmodmap al entrar en las X11 y luego ya funcionan perfectamente todas las aplicaciones.

Aleluya!